C'est aux côtés de Roland Topor que René Laloux expérimente l'animation dans un court-métrage, en 1964, Les Temps morts. Dans cette oeuvre au ton très grave, évoquant la brutalité humaine et la guerre, on retrouve un texte de Jacques Sternberg dit par Roland Dubillard. Un an plus tard, ils récidivent avec Les Escargots, en 1965, un court-métrage catastrophe assez jouissif qui leur permet de perfectionner la technique du papier découpé.
Dès 1966, ils s'attellent à l'adaptation du roman Oms en série de l'écrivain français Stefan Wul. Topor signera toute la direction artistique et les dessins de La Planète sauvage, animés par les studios d'animation Jiří Trnka de Krátký Film à Prague. Sorti en 1973, ce long-métrage d'animation reçoit le Prix spécial du jury au festival de Cannes. Des années après sa sortie, La Planète sauvage est aujourd'hui reconnu comme un film majeur, sans lequel Miyazaki et consorts, ainsi que de nombreux dessinateurs, n'auraient peut-être jamais créés de la même manière.
En 1977, après avoir ouvert son studio d'animation à Angers, René Laloux entame un autre projet d'adaptation avec Philippe Caza, dessinateur au journal Métal hurlant, celle d'un roman de Jean-Pierre Andrevon, Les Hommes-machines contre Gandahar (1969). Il en résulte un court-métrage, Les Hommes-machines, sorte de pilote qui restera sans suite. Il s'entoure notamment, pour ces quelques minutes, du dessinateur Philippe Adamov (qui travailla notamment sur Ulysse 31) et Brian Eno, pour la musique. Excusez du peu... Son film suivant, en 1982, Les Maîtres du Temps, signera sa collaboration avec Moebius, pour un nouveau long-métrage adapté d'un roman de Stefan Wul, L'Orphelin de Perdide. Jean Giraud, aka Moebius, signera aussi le scénario du film, aux côtés de Laloux et d'un certain Jean-Patrick Manchette, fameux auteur de romans policiers. Laloux avait vu grand pour ce projet, qui devait ouvrir une série de plusieurs téléfilms réalisés avec différents dessinateurs du journal Métal hurlant, mais les difficultés financières et logistiques viendront à bout de sa volonté. Réalisé en Hongrie, Les Maîtres du Temps souffre ainsi du désengagement de la production du film malgré un projet solide. Son travail inachevé avec Philippe Caza le pousse à s'investir dans un autre film avec lui, après un deuxième court-métrage ensemble pour la télévision, La Prisonnière, en 1985. Ce grand projet commun, qui n'est autre que Gandahar, sortira finalement en salles en 1987 : il s'agit du dernier long-métrage de Laloux, qu'il signe donc avec Philippe Caza.
La même année, Laloux fait travailler son équipe sur l'adaptation de la nouvelle Comment Wang-Fô fut sauvé de Marguerite Yourcenar, son dernier film : il évoquera le projet d'adaptation d'un roman de Serge Brussolo avec le dessinateur Patrice Sanahujas, avorté suite au décès de ce dernier. Et il ne fera que participer à l'écriture du scénario de L'Oeil du loup, un court-métrage d'animation de Hoël Caouissin réalisé d'après le roman de Daniel Pennac paru en 1984.
Les dernières années de sa vie, Laloux les consacrera à la direction du laboratoire d'imagerie numérique du Centre National de la Bande Dessinée et de l'Image (CNBDI) d'Angoulême, preuve que son appétit pour l'animation et ses techniques restait intact malgré un parcours loin d'être tout tracé...